Juan Matute realizó sus estudios de Filología Hispánica en la Universidad Autónoma y de formación musical en el Real Conservatorio de Música.

Ha llevado a cabo su preparación como actor en el Laboratorio de Actores del Teatro Estable Castellano (TEC) formándose entre otros con William Layton (con quien fue además ayudante de Interpretación en la RESAD), José Carlos Plaza, Miguel Narros, Arnold Taraborrelli e Irina Kouberskaya.

Además ha completado su aprendizaje en cursos impartidos por Agustín Bellús y Zulema Katz (Estudio 3), Odin Teatret y la Compañía Nacional de Teatro Clásico.

A lo largo de tres décadas de profesión teatral como actor, ha trabajado con directores como Guillermo Heras (Negro Seco de M. Ares, La Donjuanía de S. de Madariaga, Aquelarre y noche roja de Nosferatu de F. Nieva y Los malditos, de Raúl Hernández), José Carlos Plaza (Proceso por la sombra de un burro de Durrenmatt, Eloísa está debajo de un almendro de J. Poncela y La evitable ascensión de Arturo Ui de B. Brecht), Francisco Nieva (Manuscrito encontrado en Zaragoza, con dramaturgia del propio Nieva, y La mala sombra y el mar de amores, de J. Serrano), así como junto a José Luis Serrano Onsurbe (Espejo de avaricia de Max Aub y Andante en moto, Quijote se rueda, sobre dramaturgia del propio director).

Entre sus intervenciones más recientes podemos citar las producciones La Calesera de Carles Alfaro, las zarzuelas Luisa Fernanda y Doña Francisquita de Luis Olmos, Cipión y Berganza de Carlos Fernández de Castro y Salvator Rosa o el artista de Guillermo Heras sobre texto de F. Nieva.

Ha realizado además múltiples interpretaciones en televisión en series como Farmacia de guardia, dirigida por Antonio Mercero y en la que trabajó durante tres temporadas, Ramón y Cajal, El joven Picasso, Los ladrones van a la oficina, Raquel busca su sitio, Aquí no hay quien viva o Cuéntame.

En cine ha participado en películas como Shaky Carmine de Chema de la Parra (1998), Lobo de Miguel Courtois (2003), y El honor de las injurias de Carlos García Alix (2007).

Ocasionalmente ha realizado la labor de director de producción o ayudante de producción en varios montajes teatrales y en medios audiovisuales.

Como músico y compositor formó el grupo de rock Castigados sin postre junto a Nancho Novo y Luis José Rivera, con varios álbumes publicados y con el que continúa su trayectoria actualmente. Ha editado en solitario los trabajos Aguas vertientes y El más allá.